El Ministerio de Defensa es el organismo político administrativo que tiene el mando sobre las Fuerzas Armadas y es el responsable de la defensa del territorio nacional. Durante la dictadura y desde los años previos se transformó, en base a la doctrina de la seguridad nacional, en un organismo centrado en la represión de su población.
Estuvo integrado por los siguientes órganos durante la dictadura cívico militar (1973 -1985):
Secretaría de Estado; la Junta de Comandantes en Jefe, de la que dependía el Estado Mayor Conjunto (encargados del Asesoramiento, Planificación y Ejecución Conjunta); las Fuerzas Armadas (sus tres ramas), y otros también dependientes directamente del Ministerio tales como la justicia penal militar, el hospital de las Fuerzas Armadas, etc.