Un episodio confuso y no aclarado totalmente en una vivienda ubicada en la calle Ciudadela N° 1520, de la ciudad de Montevideo, provoca que sea tasladado al Hospital Maciel donde se confirmó su muerte. La versión policial indica que el sacerdote sufrió una caída, esa situación fue desmentida por varios estudios forenses del cuerpo que constataron múltiples lesiones.
La muerte dela muerte de Francisco Guarino a partir de varios documentos puede confirmarse que se enmarca dentro del seguimiento y la represión, orquestado principalmente por el Organismo Coordinador de Operaciones Antisubversivas (OCOA), a la comunidad salesiana, Jesuitas, Dominicos y Capuchinos.