La comisión investigadora se formó en junio de 1990, a pedido de Juan Carlos Blanco para analizar la responsabilidad del Ministerio de Relaciones Exteriores (del cual él era Ministro en esa época) en la desaparición de Elena Quinteros. Esta comisión funcionó entre junio y setiembre de 1990 y elevó sus informes en mayoría y minoría al pleno del senado, quien los analizó en su sesión del 6/9/1990. En base a los informes, la mayoría de la Cámara (17 en 30), con votos del Partido Colorado y Partido Nacional resolvió "Declárase que no hay lugar a la formación de causa ni a declarar suspendido en sus funciones al señor senador Juan Carlos Blanco (Constitución Art. 114)".
Otra resolución, presentada por el Frente Amplio, que recibió el apoyo de algunos legisladores del Partido Nacional, alegaba que estaba probada la responsabilidad de Juan Carlos Blanco en la desaparición de Elena Quinteros, elevaba los antecedentes a la Suprema Corte de Justicia y lo relevaba de su cargo de Senador. Esta resolución resultó rechazada con 13 votos a favor en 30.
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