Fundada en1849 bajo la presidencia de Joaquín Suárez la UdelaR nació con una estructura clásica y elitista. Durante la primera mitad del siglo XX, influenciada por la Reforma de Córdoba de 1918, comenzó un proceso de democratización que buscaba mayor participación estudiantil y una conexión más fuerte con los problemas nacionales. Fruto de importantes movilizaciones obrero-estudiantiles, en 1958 se aprobó la Ley Orgánica vigente hasta el día de hoy, que definió la autonomía, cogobierno, extensión y gratuidad como los pilares mas importantes de la institución.
Durante la década de 1960 y principios de los 70, la Universidad fue un foco de pensamiento crítico y movilización social, lo que la convirtió en el principal "enemigo interno" para las fuerzas autoritarias. Tras el golpe de Estado de junio de 1973, la tensión escaló hasta que el régimen de facto decretó la intervención. Se ocuparon los edificios, se detuvo a casi todo el Consejo Directivo Central (incluyendo al rector Samuel Lichtensztejn) y se ilegalizó a la FEUU (Federación de Estudiantes Universitarios del Uruguay).

Durante la dictadura se intentó desmantelar la identidad de la UdelaR, con destituciones masivas de docentes por motivos políticos, la exigencia del certificado de "fe democrática" para estudiar o trabajar, y la eliminación de carreras como Sociología y Psicología, prohibición de textos de estudios y líneas de investigación, entre otras mediadas.