En abril de 1972 la Asamblea General del Parlamento declaró el “estado de guerra interno” lo que suspendía las garantías constitucionales y confirió facultades especiales a la Justicia Militar. El Supremo tribunal militar fue desde entonces y hasta el restablecimiento de la institucionalidad democrática en 1985, el organismo que actuó en los procesamientos de las personas secuestradas y encarceladas por su disidencia con la dictadura.
La justicia penal militar fue un mecanismo represivo integrado por militares, lo que indudablemente hace a la falta absoluta de garantías en el procesamiento de personas. Fue presidido casi durante la totalidad de la dictadura (desde 1974 hasta 1985) por el juez militar, Coronel Federico Silva Ledesma.
Actualmente los archivos de la Justicia Militar que funcionó desde 1972 a 1985, se encuentran disponibles para la consulta de victimas e investigadores en AJPROJUMI (archivo judicial proveniente de la justicia militar), en el Poder Judicial.