La justicia penal militar fue un mecanismo represivo integrado por militares, lo que indudablemente hace a la falta absoluta de garantías en el procesamiento de personas. El Supremo tribunal militar fue desde entonces y hasta el restablecimiento de la institucionalidad democrática en 1985, el organismo que actuó en los procesamientos de las personas secuestradas y encarceladas por su disidencia con la dictadura.