Juan era un joven estudiante de mecánica de la UTU de Rivera y militante del Movimiento de Liberación Nacional - Tupamaros.
Es abatido en un operativo de las Fuerzas Conjuntas que buscaba recapturar a integrantes del MLN-T fugados del Penal de Punta Carretas. En ese contexto se produce un enfrentamiento en un paraje próximo a la Ruta 30, en el lugar conocido como "Bajada de Pena", y además de la muerte de Álvarez, otro integrante del MLN-T es apresado mientras que el resto logra fugarse.
La ficha elaborada por la Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente (SDHPR) contiene errores sobre la edad y estado civil, también se refiere erróneamente a que fue un preso fugado del Penal de Punta Carretas en la fuga masiva de 111 hombres en setiembre de 1971. A través de familiares y amigos de Juan Álvarez que remitieron documentación se realizó la corrección en esta descripción. Se mantiene la ficha de la SDHPR como antecedente y fuente.
