El ESMACO dependía de la Junta de Comandantes en Jefe, tenía bajo su responsabilidad tanto el asesoramiento, la planificación y la ejecución de objetivos del gobierno militar sobre la población, durante la dictadura. Por el decreto 239/973 del 3 de abril de 1973, "se instaura definitivamente la Junta de Comandantes en Jefe y el Estado Mayor Conjunto". Este decreto consolida su creación "experimental" por el decreto 672/71 de diciembre de 1971.
En el decreto de abril del 73 se define que el ESMACO fue "el órgano de estudio, asesoramiento y planificación de que dispone la Junta de Comandantes en Jefe".