El ESMACO dependía de la Junta de Comandantes en Jefe, tenía bajo su responsabilidad tanto el asesoramiento, la planificación y la ejecución de objetivos del gobierno militar sobre la población, durante la dictadura. Por el decreto 239/973 del 3 de abril de 1973, "se instaura definitivamente la Junta de Comandantes en Jefe y el Estado Mayor Conjunto". Este decreto consolida su creación "experimental" por un decreto anterior, posiblemente de diciembre de 1971.
En el decreto de abril del 73 se define que el ESMACO fue "el órgano de estudio, asesoramiento y planificación de que dispone la Junta de Comandantes en Jefe".