El ESMACO dependía de la Junta de Comandantes en Jefe, tenía bajo su responsabilidad tanto el asesoramiento, la planificación y la ejecución de objetivos del gobierno militar sobre la población, durante la dictadura.
El Consejo de Seguridad Nacional fue un organismo de gobierno y fue en los hechos una coordinación civil y militar para la gestión del gobierno del Estado durante la dictadura. Se integró con el Presidente de la República, el Ministro del Interior, Ministro de Relaciones Exteriores, Ministro de Defensa Nacional y los Comandantes en Jefe de las Fuerzas Armadas (FFAA).
El Organismo Coordinador de Operaciones Antisubversivas (OCOA) fue uno de los principales órganos de la operativa represiva de la dictadura cívico militar y fue creada específicamente para la persecución y captura de disidentes políticos. Dependía directamente del Comando General del Ejército. Si bien por su origen la OCOA fue un organismo del Ejército implicó una coordinación con la Policía y las otras armas.
Se denominaron Fuerzas Conjuntas (FF.CC) a la coordinación en la lucha antisubversiva de las Fuerzas Armadas (Ejército, Armada y Fuerza Aérea) y la Policía. Este organismo de coordinación fue central en la operativa represiva del terrorismo de Estado.
Se conoce como Plan Cóndor a la coordinación represiva entre las inteligencias militares de los países de la región en los años 70 y 80. A través de esta coordinación se estandarizaron prácticas represivas en la región, especializándose y destinándose recursos humanos y materiales de los Estados para los objetivos de destrucción física, política y organizativa de opositores a las dictaduras.
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