Juan había nacido en Montevideo, tenía un hijo, vivía y trabajaba en Santiago de Chile. Era un militante del Movimiento de Liberación Nacional - Tupamaros, tenía 22 años. Fue secuestrado por militares chilenos en un allanamiento en la casa de Alberto Fontela donde se encontraba.
Fue interrogado por agentes del Servicio de Inteligencia Militar en la Escuela Militar "Bernardo O´ Higgins", y posteriormente es trasladado al Regimiento de Artillería Nº 1 “Tacna”. Un sobreviviente de los hechos, Tulio Quintiliano Cardoso de nacionalidad brasileña, reconoció a los uruguayos Juan Ángel Cendán y Alberto Fontela cuando eran trasladados en un camión varios prisioneros desde el Regimiento “Tacna” con destino al río Mapocho.
Alberto y Juan permanecen desaparecidos.
El 17 de diciembre el ministro de la Corte de Apelaciones de Santiago de Chile, Mario Carroza, condenó a dos oficiales retirados del Ejército de ese país, por su responsabilidad en el secuestro calificado de los ciudadanos uruguayos Alberto Fontela Alonso y Juan Manuel Cendán Ahumada; y del ciudadano brasileño Tulio Roberto Quintiliano Cardoso. Fueron condenados con prisión los represores chilenos Jorge Luis Tapia Castillo y Rafael Francisco Ahumada Valderrama.
La sentencia estableció:
"Ese día 12 de septiembre de 1973, en horas de la noche, sin orden de autoridad competente ni existir motivo fundado, un contingente militar fuertemente armado que se trasladaba en camiones del Ejército, ingresan al inmuebles ubicado en calle Espoz de la comuna de Vitacura, en el cual se encontraba la ciudadana chilena Anne Bicheno Armour, en ese entonces embarazada, junto a su pareja el ciudadano de nacionalidad uruguaya Alberto Fontela Alonso y un amigo, también de nacionalidad uruguaya, Juan Manuel Cendán Ahumada, ambos simpatizantes del movimiento Túpac Amaru, a quienes de inmediato se les solicita identificaciones y después de un registro a la vivienda fueron detenidos y les suben al camión, luego les trasladan hasta la Escuela Militar, perímetro donde funcionaba el Comando de Institutos Militares y la agrupación formada con posterioridad al 11 de septiembre, para labores operativas; denominada ‘Agrupación Este', dicho sitio permanecieron privados de libertad y encerrados sin derechos, junto a otras personas que se encontraban en la misma situación. A continuación, personal de este Comando de Instituto Militares procedió a interrogarles e individualizarlos, luego ordenan que sean trasladados al regimiento Tacna, con excepción de la prisionera (...) quien fue llevada al regimiento Blindados N°2, donde recuperó su libertad, no así los ciudadanos uruguayos".