Durante el terrorismo de Estado en Argentina, la Jefatura Departamental funcionó como el primer eslabón formal e informal de la maquinaria represiva en la región oriental de Entre Ríos. Operó como un Centro detención y torturas de tránsito de detenidos.
Las fuerzas represivas (policías, militares y agentes de civil) utilizaban este edificio céntrico como punto inicial de concentración tras los secuestros ejecutados en la vía pública o en allanamientos nocturnos domiciliarios. En sus calabozos, los detenidos sufrían el "ablande": las primeras sesiones de tortura física y psicológica, vendaje de ojos, aislamiento e interrogatorios preliminares. Dependiendo del nivel de militancia o de la información requerida, los prisioneros eran posteriormente "blanqueados" (legalizados a disposición del Poder Ejecutivo Nacional), trasladados a penales de máxima seguridad o derivados a centros de exterminio y tortura más herméticos, como el Regimiento de Caballería 6.
La Jefatura adquirió un rol de carácter transnacional al ceder sus instalaciones para operaciones del Plan Cóndor. El 3 de julio de 1977, este edificio recibió al grupo de uruguayos militantes del Partido Comunista Revolucionario (PCR) secuestrados en Concordia: María Julia Suárez Méndez, Jesús Silverio Suárez Méndez, Eduardo Robatto y Luis Urrutia.
El aspecto más grave de su utilización en esta fase es que la Policía de Entre Ríos liberó la jurisdicción del recinto para que operaran fuerzas extranjeras. Oficiales de inteligencia (S-2) del Ejército Uruguayo, provenientes del Batallón N.º 7 de Salto, cruzaron la frontera e ingresaron a la Jefatura de Concordia para participar directamente en los interrogatorios bajo tortura de sus connacionales. Los testimonios judiciales y la denuncia de 2021 de María Julia Suárez Méndez confirman que en estas dependencias (y en su posterior traslado) las víctimas sufrieron apremios ilegales y violencia sexual sistemática, antes de ser trasladadas clandestinamente hacia Uruguay.
Los crímenes cometidos en el circuito represivo que incluye a esta Jefatura han sido investigados y juzgados en el marco de la megacausa "Área Paraná II" (con sentencias en 2020).
