Durante el terrorismo de Estado, la Unidad Penal N° 3 (UP 3) operó con una doble funcionalidad. Si bien mantenía su actividad como un establecimiento penitenciario formal de la provincia, las autoridades del Ejército Argentino dispusieron de áreas específicas —fundamentalmente la "Unidad Familiar" y sectores de celdas con puertas externas— para alojar de manera exclusiva a personas secuestradas clandestinamente.
Los prisioneros políticos ingresaban y eran extraídos del penal de forma subrepticia, operando mayormente en horas de la noche, y sus identidades nunca figuraron en los registros oficiales de ingreso o alojamiento de la cárcel. El personal penitenciario civil tenía vedado el acceso a estos sectores y carecía de contacto formal con los detenidos. Las instalaciones fueron utilizadas como "zona liberada" para que los grupos de tareas militares, y en especial el Grupo de Inteligencia del Regimiento 6 (con figuras como el teniente Echeverría y el sargento Amarillo), ingresaran libremente a continuar con los interrogatorios y las torturas iniciadas en otros centros clandestinos.
El cautiverio de los militantes uruguayos y el Plan Cóndor (1977)
El rol de la UP 3 como eslabón logístico transnacional del Plan Cóndor quedó plenamente evidenciado con el cautiverio del grupo de ciudadanos uruguayos vinculados al Partido Comunista Revolucionario (PCR). En julio de 1977, tras sobrevivir a brutales tormentos iniciales en recintos clandestinos no identificados de Concordia, Jesús Silverio Suárez Méndez, Eduardo Robatto Guerreiro, Luis Urrutia y María Julia Suárez Méndez fueron trasladados a este penal.
Las víctimas permanecieron allí entre quince y veinte días en condición de desaparecidos, sin ningún tipo de formalización legal. El encierro en la UP 3 no representó un cese de la represión, sino la continuidad del terrorismo de Estado: los interrogatorios y los vejámenes prosiguieron intramuros. El hecho de mayor gravedad documentado en el interior de la cárcel es el padecido por María Julia Suárez, quien fue víctima de continuos abusos sexuales perpetrados por el sargento de inteligencia Héctor Aníbal Amarillo dentro de las propias instalaciones del penal.
El paso por esta cárcel funcionó como la etapa final de cautiverio en suelo argentino. Luego de este período, los prisioneros fueron extraídos de la unidad, subidos a vehículos y llevados a la zona fronteriza para ser entregados clandestinamente a efectivos militares uruguayos, completando su traslado forzoso a la ciudad de Salto.
