El Organismo Coordinador de Operaciones Antisubversivas (OCOA) fue uno de los principales órganos de la operativa represiva de la dictadura cívico militar y fue creada específicamente para la persecución y captura de disidentes políticos. Dependía directamente del Comando General del Ejército. Si bien por su origen la OCOA fue un organismo del Ejército implicó una coordinación con la Policía y las otras armas.

Se denominaron Fuerzas Conjuntas (FF.CC) a la coordinación en la lucha antisubversiva de las Fuerzas Armadas (Ejército, Armada y Fuerza Aérea) y la Policía. Este organismo de coordinación fue central en la operativa represiva del terrorismo de Estado.

La Dirección Nacional de Información e Inteligencia (DNII), dependió primero de la Jefatura de Policía de Montevideo, y desde 1978 directamente del Ministerio del Interior. Se creó con un fuerte apoyo del Programa de Seguridad Pública de la Agencia Internacional para el Desarrollo (AID) del gobierno estadounidense.

Se conoce como Plan Cóndor a la coordinación represiva entre las inteligencias militares de los países de la región en los años 70 y 80. A través de esta coordinación se estandarizaron prácticas represivas en la región, especializándose y destinándose recursos humanos y materiales de los Estados para los objetivos de destrucción física, política y organizativa de opositores a las dictaduras.

El Servicio de Información de Defensa se transformó en el centro de la información e inteligencia de las Fuerzas Armadas, que tuvo a su cargo el control sobre la sociedad y la persecución política durante la dictadura cívico militar. Coordinó, planificó y gestionó la aplicación de actividades de inteligencia y contrainteligencia desde 1971. En el exterior del país operó en coordinación con los organismos de inteligencia de otros países, particularmente en la coordinación represiva conocida como Plan Cóndor.

El Consejo del Niño fue una institución creada en 1934, bajo el gobierno dictatorial de Gabriel Terra, que dependía en ese momento del Ministro de Protección a la Infancia, Durante la dictadura los años de implementación de medidas prontas de seguridad y la dictadura, se mantuvieron detenidos en sus hogares a jóvenes menores de edad, integrantes de organizaciones gremiales estudiantiles y de partidos de izquierda.