Al producirse el golpe de Estado en Chile, Juan Antonio y un grupo de militantes uruguayos que vivían allí intentan cruzar la cordillera de los Andes hacia Argentina. Fueron secuestrados por Carabineros y llevados en primera instancia a la comisaría de la localidad El Volcán en el Cajón del Maipo.
Ese mismo día, durante la noche militares del Regimiento de Ingenieros Ferrocarrileros de Puente Alto los trasladan hacia el cuartel. En ese lugar desaparece junto a Ariel Arcos y Enrique Pagardoy.
En 2009 son procesados en Chile tres militares retirados por secuestro y desaparición: el general Francisco Martínez Benavides, el coronel Lander Uriarte Burotto, el suboficial René Cruces Tapia.
Por esos y otros crímenes fue procesado en 2007 el ex comandante del Regimiento de Ingenieros de Montaña de Puente Alto, coronel (R) Mateo Durruty Blanco.
