En 2009 fue solicitado el procesamiento con prisión de Miguel Sofía por crímenes cometidos previos al golpe de Estado, como integrante de grupos de ultra derecha denominados "Juventud Uruguaya de Pie" (JUP) y "Comando caza tupamaros". Se le atribuye la participación en la desaparición de Héctor Castagnetto y los homicidios de Manuel Ramos Filippini e Ibero Gutiérrez. Desde ese año se encontraba prófugo, fue capturado el 8 de enero de 2019 en el barrio de Punta Carretas de Montevideo con un pasaporte falso y se le dictó prisión preventiva.
El 10 de julio de 2020 se lo procesó con prisión como autor penalmente responsable de un delito de asociación para delinquir y la coautoría de un delito de homicidio muy especialmente agravado.
El 3 de marzo de 2021 el Tribunal de Apelaciones de 3er turno ratificó su procesamiento, por integrar el grupo parapolicial "Escuadrón de la Muerte" y participar en el secuestro y desaparición de Héctor Castagnetto.
El 8 de diciembre de 2022 fue condenado por este crímen y en febrero del 2024 el Tribunal de Apelaciones de 3er turno ratificó la condena.
