El Servicio de Información de Defensa se transformó en el centro de la información e inteligencia de las Fuerzas Armadas, que tuvo a su cargo el control sobre la sociedad y la persecución política durante la dictadura cívico militar. Coordinó, planificó y gestionó la aplicación de actividades de inteligencia y contrainteligencia desde 1971 en que se encomienda a las Fuerzas Armadas la persecución de la subversión.
La Ley Orgánica Militar redactada en e1974 estableció que su funcionamiento dependería directamente de la Junta de Comandantes en Jefe. De acuerdo a la investigación Académica del Proyecto CRUZAR la inteligencia en la lucha antisubversiva era comandada por el SID y con este servicio se vinculaban las otras agencias que participaron activamente en la represión y control social: El E II (Estado Mayor del Ejército); N-2 (Estado Mayor de la Armada); A-2 (Estado Mayor de la Fuerza Aérea).
En el exterior del país el SID operó en coordinación con los organismos de inteligencia de otros países, particularmente en la coordinación represiva conocida como Plan Cóndor.