Fue secuestrado junto a Gustavo Inzaurralde del domicilio en que estaban alojados, en Asunción del Paraguay. Fue un operativo en el marco del Plan Cóndor. Por documentación hallada en el "archivo del terror" de Paraguay, se sabe que fueron entregados a represores uruguayos y argentinos y trasladados a Argentina posiblemente el 16/05/1977. Inzaurralde fue visto por testigos en el centro clandestino de detención y torturas conocido como club Atlético, de Santana se presume que estuvo en ese mismo lugar pero no hay testimonios.
Por esta causa, que refiere a las desapariciones forzadas de Edison Inzaurralde y Nelson Santana fue procesado con prisión el Coronel (r) Carlos Calcagno Gorlero. Al fallecer en el año 2013 la causa fue archivada.