La Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente (SDHPR) fue una entidad dependiente de Presidencia de la República, cuyo funcionamiento se extendió entre el año 2013 y 2026. 

Sus orígenes institucionales pueden trazarse en la creación en el año 2003 de la Secretaría de Seguimiento de la Comisión para la Paz (Resolución 449/003) para dar continuidad institucional al trabajo, asumiendo tanto los trámites pendientes como las líneas de investigación que habían quedado abiertas tras la entrega del Informe Final de la Comisión. Sus funciones se enfocaron en:

• Continuación de investigaciones: La Secretaría quedó facultada para seguir recibiendo testimonios, nuevas denuncias y cualquier información adicional que permitiera esclarecer el paradero de personas desaparecidas, tanto de los casos que la Comisión no había podido resolver como de casos nuevos que no se habían presentado originalmente.
• Resolución legal y administrativa: Debía gestionar las consecuencias jurídicas derivadas de las conclusiones de la Comisión. Su tarea más importante en este ámbito fue viabilizar y asistir a los familiares en los trámites para expedir los certificados de defunción (ausencia por desaparición forzada) de las víctimas confirmadas.
• Custodia del acervo: Quedó como responsable legal de resguardar, organizar y proteger toda la documentación, los testimonios orales y escritos, y las bases de datos que la Comisión para la Paz había recopilado durante sus casi tres años de funcionamiento.

Al volverse evidente que la búsqueda de la verdad requería un trabajo a largo plazo y que seguía apareciendo nueva información, estas funciones de "seguimiento" quedaron chicas, lo que motivó las posteriores ampliaciones de sus competencias en 2011 y 2013.

Su primera gran transformación ocurrió en 2011 (Resolución 450/011), cuando pasó de ser una oficina de trámites a tener funciones activas de recopilación, análisis y clasificación de información sobre desapariciones forzadas.

En el año 2013 (Resolución 463/013), esta entidad pasó a llamarse Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente, asumiendo objetivos más amplios y definidos dentro de Presidencia. Dos años después, en 2015 (Decreto 131/015), adquirió un rol operativo al convertirse en el soporte administrativo, funcional y de investigación del recién creado Grupo de Trabajo por Verdad y Justicia (GTVJ). En el año 2019, con la promulgación de la Ley 19.822 tuvo un punto de inflexión estructural. Al transferirse la búsqueda activa de los detenidos desaparecidos a la Institución Nacional de Derechos Humanos (INDDHH), la Secretaría reorientó su misión. Pasó a enfocarse en la organización, indexación y digitalización de los archivos vinculados al terrorismo de Estado.

El ciclo de la Secretaría como unidad independiente concluyó con el Decreto 154/026. A partir de este momento, su estructura y sus cometidos específicos sobre el pasado reciente fueron absorbidos e integrados dentro de la órbita de la Secretaría de Derechos Humanos de la Presidencia, con el objetivo de unificar la política estatal en la materia.