Fue condenado en múltiples causas en Uruguay y el extranjero por su participación en crímenes de lesa humanidad, entre los que se cuentan secuestros, desapariciones, torturas y asesinatos. También fue procesado en 1995 por el delito de "extorsión" en una causa penal común por una investigación que lo vinculó a la falsificación de dólares.
Cumplió prisión efectiva en la cárcel especial de Domingo Arena desde su primer procesamiento con prisión por delitos de lesa humanidad, en el año 2006, hasta el año 2013, en el que fue trasladado al Hospital Militar a un sector especial destinado a jerarcas militares.
El 24 de diciembre de 2015 se le concedió la prisión domiciliaria.