En esta causa judicial que refiere al asesinato por torturas de Gerardo Alter en Batallón de Infantería No. 1 'Batallón Florida', fueron imputados los represores Armando Méndez Caban, Pedro Enrique Buzó Correa, Antranig Ohannessian, Néstor Ramón Silvera Fonseca y Diego Mario Cardozo Correa. En el acta de procesamiento por su parte, se aclara que Cardozo falleció en el transcurso del proceso judicial, mientras que Armando Méndez Caban interpuso un recurso de inconstitucionalidad, separándose la situación de este represor del resto de los acusados hasta tanto se resuelva su recurso. Por otra parte, los otros tres acusados (Buzó, Ohannessian y Silvera), fueron procesados con prisión el 9 de junio de 2021 como coautores de un delito de homicidio muy especialmente agravado.
Tortura
Se proceso en 2017 con prisión a Rodolfo Gregorio Álvarez Nieto por un crimen de tortura en concurso formal con un delito de Abuso de autoridad contra los detenidos. En junio de 2019 se condenó al represor por tres delitos de encubrimiento con tres delitos de privación de libertad en calidad de co autor, a 6 años de penitenciaría. Los crímenes ocurrieron en el centro clandestino de detención y tortura de La Tablada (Montevideo), operado por el Organismo Coordinador de Operaciones Antisubversivas (OCOA). El 2 de setiembre de 2020 el Tribunal de Apelaciones (TAP) ratifica la sentencia condenatoria.
En marzo de 2012 un grupo de víctimas de delitos de lesa humanidad presentaron denuncia.
El 6 de octubre de 2021 la jueza sentencia el procesamiento de Carlos Raúl Chaine Díaz por torturas y lesiones a los detenidos.
En la sentencia se describe que: "En el año 1976 fueron detenidos los integrantes del PCU Emilio Toribio Mendez, Ariel Zapata,Julio Basualdo y Carlos Pintos por el hecho de pertenecer a dicha organización política. Siendo trasladados a la unidad militar antes indicada, fueron objeto de diversos tormentos,durante su detención en Caballeria N° 5...". "Entre los responsables de los tormentos, se indico a Juancito Urquhart (hoy fallecido) y al Alférez Chainez".
El 7 de febrero de 2022 el Tribunal de Apelaciones de 1er Turno confirmó el procesamiento y dispuso la prisión domiciliaria para el represor.
En esta causa judicial refiere a las torturas a las que fue sometido el denunciante, Hermes Pastorini en el Batallón de Infantería No. 8 de la ciudad de Paysandú, desde que fue detenido en su domicilio en la noche del 14 de mayo de 1974 y durante los 12 días que permaneció en ese cuartel. Luego fue trasladado a Salto y después al penal de Libertad, donde permaneció detenido hasta 1980. En esta causa fue procesado el 4 de octubre de 2021, el capitán retirado Ramón Larrosa Santomauro quien era enlace de inteligencia (S2), por lo que conducía los interrogatorios y las torturas a los detenidos.
Otro indagado en esta causa por su participación en las torturas es el teniente Juan Antonio Farías, alias ‘La Chancha’ Farías, que ha presentado reiterados recursos dilatorios.
La primera denuncia sobre estos delitos, realizada en 1986 fue archivada debido a la vigencia de la Ley de Caducidad.
El 7 de febrero de 2022 el Tribunal de Apelaciones de 1er Turno confirmó el procesamiento y dispuso la prisión domiciliaria para el represor.
Causa colectiva por torturas presentada en año 2011, en que se denunció secuestros, torturas y violencia sexual sobre varias personas en el Batallón 13 y el Centro Clandestino de Detención '300 Carlos'. El expediente judicial recopiló mas de 20 testimonios de estos delitos, por los cuales fueron procesados con prisión, el 3 de junio de 2021 los militares José Nino Gavazzo, Mario Julio Aguerrondo Montecoral, Rudyard Raúl Scioscia Soba, Mario Carlos Franchelle Franco, Mario Manuel Cola Silveira, Ernesto Ramas y Jorge Silveira.
El 1 de diciembre de 2022 fue procesado en esta misma causa, por su participación en secuestros y torturas, el militar retirado Rogelio Garmendia.
Se procesó a los represores José María Cabrera Rivas y Andrés Daniel Quintana García, bajo la imputación "prima facie" de un de delito continuado de abuso de autoridad contra los detenidos. La víctima y denunciante declaró haber sido victima de torturas en el Batallón de Ingenieros Nº 2 del Departamento de Florida. A pesar de la gravedad de las acusaciones y de ser delitos de lesa humanidad se decretó el procesamiento sin prisión.
Mediante apelación la Fiscalía Especializada en delitos de lesa humanidad, solicitó la prisión efectiva de los ambos criminales que fue concedida en abril de 2021 por el Tribunal de Apelaciones.
Esta causa referida a torturas y abusos sexuales cometidos en dependencias de la Dirección Nacional de Información e Inteligencia tuvo su origen en la denuncia colectiva del año 2011 por parte de mas de 40 víctimas, que eran miembros de la Unión de Juventudes Comunistas en la década de 1970. A esta causa se incorporó una causa anterior 'ALSINA Gustavo y otros, denuncia', también por torturas, que había sido presentada en 1985.
Por estos delitos de lesa humanidad, en julio del 2020 se procesó con prisión a los represores Jorge Guldenzoph, ex militante de la Unión de Juventudes Comunistas que actúo como delator, torturador y abusador sexual durante la dictadura cívico-militar uruguaya y el oficial policial José Felisberto Lemos. Los delitos que se les imputaron en el procesamiento fueron de abuso de autoridad contra los detenidos y privación de libertad.
Se decretó el procesamiento con prisión de Lawrie Rodríguez Freire bajo la imputación prima facie de un delito de homicidio muy especialmente agravado en calidad de co autor. La víctima Iván Morales Generalli, de 24 años de edad era militante de izquierda y es asesinado por las torturas recibidas en el Regimiento de Caballería N° 6. El procesamiento fue emitido el 26/03/2020, el cual fue apelado y recibió la confirmación de parte de un Tribunal de Apelaciones el 11/09/2020. Finalmente, la condena fue emitida el 31/03/2022.
Esta causa judicial refiere a torturas de hombres y mujeres entre los años 1972 y 1974 en el Regimiento de Caballería No. 6. La denuncia fue realizada por 17 víctimas en el año 2011.
El 29/06/2023 se dictó el procesamiento con prisión Gustavo Eduardo Criado Carmona, Glauco José Yanonne de León, Alexis Roberto Grajales de Olivera, Jorge Slveira Quesada, Artigas Gregorio Álvarez Nieto y Walter Francisco Forischi Ferrari por los delitos de tortura.
Por esta misma causa, está siendo investigado el médico militar Carlos Suzacq, que fue extraditado a Uruguay desde España, a pedido de la Fiscalía de Lesa Humanidad, pero aún no se ha dictado procesamiento.
Se condenó a Enrique Ribero Ugartemendia y a José Uruguay Araújo Umpiérrez a 19 y 17 años de penitanciaría respectivamente como coautores de homicidio político agravado como crimen de lesa humanidad de Ubagesner Chaves Sosa. Los hechos ocurrieron el el centro clandestino de detención y tortura de la ex base Aérea de Boiso Lanza en 1976 y el cuerpo de Chaves Sosa se ubicó en 2005 en la llamada Chacra de Pando (Canelones).
En esta causa judicial que refiere al asesinato en torturas de Hugo Arteche, en el Batallón Florida, fueron procesados con prisión Armando Méndez Caban y Antranig Ohannessian Ohannian. Para un tercer imputado, Arturo Aguirre Percel, el cual alego motivos de salud, se decretó que sea examinado por un médico del ITF a los efectos de analizar si puedo ser conducido a la sede judicial y, en su caso, si corresponde imponerle un régimen de prisión domiciliaria.
Esta causa judicial refiere al asesinato en torturas de Julián Basilicio López, taxista de 66 años y militante del Partido Comunista del Uruguay.
López fue detenido en el marco de la Operación Morgan, de represión a miembros del PCU y trasladado Grupo de Artillería No. 1 conocido como "Cuartel de la Paloma" (Montevideo), donde fue asesinado en torturas llevadas a cabo por los militares Carlos Walter Casco Panzardo, Nelson Coitinho (capitán), Hugo Garciacelay (alférez). El 28 de julio de 2020 estos dos últimos fueron procesados con prisión por un delito de homicidio especialmente agravado en calidad de autor y coautor respectivamente. El 15/04/2021 el Tribunal de Apelación Penal de 1º Turno confirmó la sentencia en primera instancia, señalando a Coitinho y Garciacelay como coautores de homicidio my especialmente agravado.
Por esta causa, en la que se denuncian torturas en dependencias del Grupo de Artillería 2 con asiento en la ciudad de Trinidad, se procesó a Mario Ramos y Nelson Fornos quienes oficiaron como jerarca y médico principal respectivamente de esa unidad.
El 16 de junio de 2021 el Tribunal de Apelaciones ratificó el procesamiento de ambos represores.
Esta causa está referida al asesinato en torturas del albañil y militante del Partido Demócrata Cristiano Luis Batalla, en el Batallón de Infantería Nº 10, el 21 de mayo de 1972. El crímen fue denunciado por el diputado Daniel Sosa Díaz en el Parlamento en oportunidad del llamado a Sala e interpelación del Ministro de Defensa de la época, Gral. Enrique Magnani. La denuncia judicial pudo presentarse recién luego de finalizada la dictadura y fue archivada por el Poder Ejecutivo en aplicación de la Ley de Caducidad.
Fue reabierta el 15 de abril del año 2013 y en el 2019 el fiscal de Lesa Humanidad solicitó el procesamiento de varios represores involucrados en el asesinato. Finalmente el 20 de junio de 2022, fueron procesados con prisión los represores Héctor Sergio Rombys Kulikev (responsable del “S2") y Arquímedes Maciel (Coordinador en la lucha antisubversiva dependiendo de la Región Militar No 4) por homicidio especialmente agravado y torturas al detenido.
Otros militares y policías participantes del operativo de detención y la custodia del detenido fueron: el Jefe de la Unidad, el Teniente Coronel Juan José Molina (fallecido), los representantes del Servicio de Información de Defensa, el Capitán Pedro Antonio Matto y el Mayor Washington Perdomo (fallecido), el Capitán Juan Cuadrado y el Teniente Miguel A. Clara (fallecido), así como el funcionario policial Ayrton Correa.
En esta causa, que denuncia múltiples delitos cometidos en Argentina y Uruguay entre los que se cuentan secuestro, torturas, sustracción de menores, etc. tuvo un inicio en 1984. Fue archivada en la década del 80 y desarchivada en la década del 2000. En esta causa, fue procesado el médico militar Ramón Rodríguez de Armas, por coautoría en las torturas infringidas a secuestrados por el terrorismo de Estado. Asimismo, otros testimonios lo identificaron que como médico ginecólogo realizó controles de embarazo a María Claudia García Iruretagoyena de Gelmán.