El juicio se desarrolló a partir de dos causas que llegaron a juicio por separado, conocidas como Operación Cóndor y Automotores Orletti. En conjunto, totalizan los casos de 174 víctimas con nacionalidad de la mayoría de los países que integraron la Operación Cóndor, de las cuales 45 eran uruguayos. La sentencia fue dada a conocer el 27 de mayo de 2016 y entre otros represores, se condenó a Manuel Cordero a 25 años de prisión por ser partícipe necesario y penalmente responsable del delito de privación ilegítima de la Libertad, en perjuicio de Washington Cram, Alberto Mechoso, León Duarte, Ruben Prieto, Ari Cabrera, Adalberto Soba, José Méndez, Francisco Candia, María Islas Gatti de Zaffaroni, Jorge Zaffaroni y María Claudia García Irureta Goyena de Gelman.
Desaparición forzada
La causa por el secuestro, torturas y desaparición del obrero y militante comunista Horacio Gelós fue presentada en 2010 fue archivada en 2020.
Esta causa judicial refiere al secuestro y supresión de identidad de Anatole y Victoria Julién Grisonas. Por la misma fueron procesados los represores Jorge Silveira, José Ricardo Arab y Gilberto Vázquez el 6/7/2021. Otros dos imputados, Luis Maurente y José Gavazzo fallecieron antes de que se emitiera el procesamiento.
Se condenó a Enrique Ribero Ugartemendia y a José Uruguay Araújo Umpiérrez a 19 y 17 años de penitanciaría respectivamente como coautores de homicidio político agravado como crimen de lesa humanidad de Ubagesner Chaves Sosa. Los hechos ocurrieron el el centro clandestino de detención y tortura de la ex base Aérea de Boiso Lanza en 1976 y el cuerpo de Chaves Sosa se ubicó en 2005 en la llamada Chacra de Pando (Canelones).
Por esta causa, que refiere a las desapariciones forzadas de Edison Inzaurralde y Nelson Santana fue procesado con prisión el Coronel (r) Carlos Calcagno Gorlero. Al fallecer en el año 2013 la causa fue archivada.
En el año 2007 se procesó por esta causa al ex dictador Gregorio Álvarez y al represor Juan Carlos Larcebeau, por reiterados delitos de desaparición forzada, llevados a cabo en el marco de la coordinación represiva Plan Cóndor. Dos años mas tarde, se condenó a Álvarez como autor de treinta y siete delitos de homicidio muy especialmente agravados y a Larcebeau como autor de veintinueve delitos de homicidio muy especialmente agravados. Las penas a cumplir fueron de veinticinco y veinte años de penitenciaría respectivamente.
El 15 de agosto de 2007, impulsada por IELSUR se presentó la petición inicial ante la CIDH relacionada con la falta de investigación y sanción de los asesinatos de Diana Maidanik, Silvia Reyes y Laura Raggio (las "Muchachas de abril"), el 21 de abril de 1974. Asimismo, el caso se denunció la falta de investigación y sanciones referidas a los delitos de desaparición forzada de Luis Eduardo González González y Óscar Tassino Asteazu, a partir del 13 de diciembre de 1974 y del 19 de julio de 1977, respectivamente.
El El 8 de noviembre de 2012 la Comisión aprobó el Informe de Admisibilidad por el cual se admitió la petición.
El 15 de noviembre de 2021 se emitióla sentencia condenatoria al Estado uruguayo en la que se detallan las recomendaciones y reparaciones dictadas por La Corte. El 15 de junio de 2023 el Estado uruguayo realizó en el Palacio Legislativo un acto de asunción de su responsabilidad, encabezado por la vicepresidenta Beatriz Argimón y con la ausencia inexplicada del Presidente Luis Lacalle Pou
En esta causa judicial se condenó a los represores José Nino Gavazzo y Ricardo Arab como autores responsables de 28 delitos de homicidio muy especialmente agravados, a la pena de 25 años de penitenciaría por su participación en la secuestro, torturas, asesinato y desaparición de ciudadanas y ciudadanos uruguayos en Argentina en 1976, en el marco de la coordinación conocida como Plan Cóndor.
El procesamiento de Gavazzo y Arab había tenido lugar en la causa 2-43332/2005 en la cual también habían sido procesados Ernesto Ramas, Jorge Silveira, Ricardo Medina, Luis Maurente, José Sande Lima y Gilberto Váquez. Estos últimos fueron condenados en dicha causa a penas de entre 20 y 25 años de penitenciaría. Por su parte, Gavazzo y Arab recibieron penas de 25 años de penitenciaría.
En mayo de 2006 se llevó a cabo la petición inicial ante la CIDH en relación a los delitos de desaparición forzada de María Claudia García de Gelman, la apropiación de identidad de María Macarena Gelman García y la denegación de justicia a Juan Gelmán, Macarena y otros familiares y la impunidad existente a causa de la aplicación de la Ley de Caducidad en Uruguay.
El 9 de marzo de 2007 la Comisión adoptó el Informe de Admisibilidad en el cual declaró la admisibilidad del caso y el 21 de enero de 2010 la CIDH finalmente presentó la demanda contra Uruguay.
El 24 de febrero de 2011 se emite la sentencia condenatoria al Estado Uruguayo en la que se detallan las recomendaciones y reparaciones dictadas por La Corte.
En esta causa se condenó a los represores Pedro Freitas y Nelson Bardecio como co-autores del homicidio muy especialmente agravado del estudiante Héctor Castagnetto Da Rosa, a cumplir penas de 15 años y 6 meses de penitenciaria.
Causa que condenó a represores por su participación en la secuestro, torturas, asesinato y desaparición de 28 ciudadanas y ciudadanos uruguayos en Argentina en 1976, en el marco de la coordinación conocida como Plan Cóndor. En el año 2006 se procesó a los represores Ernesto Ramas, Jorge Silveira, José Gavazzo, Ricardo Medina, José Arab, Luis Maurente, José Sande Lima y Gilberto Váquez, con prisión preventiva por un delito de privación de libertad con un delito de asociación para delinquir. Si bien en la indagatoria se mencionaban mas víctimas, la única considerada en esta instancia fue Adalberto Waldemar Soba Fernández, ya que era el único caso excluido de la Ley de Caducidad de los mencionados.
En el año 2009 se terminó procesando a Silveira, Vázquez y Ramas como autores responsables de 28 delitos de homicidio muy especialmente agravados en reiteración real, con penas de 25 años de penitenciaría, mientras que a Maurente, Medina y Sande Lima por los mismos delitos se los condenó a 20 años de penitenciaría. Los otros dos procesados originalmente, José Gavazzo y Ricardo Arab, fueron condenados en la causa 98-247/2006 cuya sentencia se dictó el mismo día y también recibieron penas de 25 años de penitenciaría.
El 11 de noviembre de 2005, se presentó la petición inicial ante la CIDH relacionada con la falta de investigación, sanción y reparación de las desapariciones forzadas de Mario Roger Julien Cáceres y Victoria Lucía Grisonas Andrijauskaite, así como otras violaciones a los derechos humanos de los hijos del matrimonio, Anatole y Victoria.
El 4 de mayo de 2019 la Comisión aprobó el Informe de Admisibilidad por el cual se admitió la petición.
Los días 21 y 23 de setiembre de 2021 se emitió la sentencia condenatoria al Estado Argentino en la que se detallan las recomendaciones y reparaciones dictadas por la CIDH
En esta causa, se procesó el 20/12/2006 al ex dictador Juan María Bordaberry por 10 delitos de homicidio. Cuatro años mas tarde se dictó la condena definitiva, imputándosele los delitos de atentado a la Constitución con 9 crímenes de desaparición forzada y 2 homicidios políticos, condenándolo a 30 años de prisión.
Por la resolución No. 2278 procesó a Arab, Vázquez, Silveira, Medina y Gavazzo por homicidio muy especialmente agravado de María Claudia García Irureta Goyena de Gelman. En el año 2017 se dictó sentencia de condena a 30 años de penitenciaria a estos represores por dicho delito. Un tribunal de apelaciones confirmó en el año 2018 la sentencia de condena.
En el año 2010 se decretó el procesamiento y prisión de Juan Carlos Gómez y José Nino Gavazzo como autor y coautor del delito de homicidio muy especialmente agravado de Roberto Gomensoro Josman. No obstante, con fecha 24/12/2013 se dispuso el sobreseimiento y la clausura del proceso respecto de los dos imputados, acogiendo de ese modo la solicitud realizada por el Fiscal Letrado Departamental.
El Juicio de Roma al Plan Cóndor, es una mega causa, por la cual se condenó a civiles y militares de Bolivia, Chile, Perú y Uruguay a cadena perpetua por el asesinato y desaparición de ciudadanos italianos en el marco del Plan Cóndor. Los uruguayos condenados fueron Pedro Mato Narbondo, José Nino Gavazzo, Ricardo Arab, Ricardo Medina, Luis Maurente, José Sande Lima, Ernesto Soca, Ernesto Ramas, Jorge Silveira, Gilberto Vázquez, Juan Carlos Blanco, Juan Carlos Larcebeau y Jorge Tróccoli. Exceptuando a este último, el resto ya había sido condenado en Uruguay por causas de lesa humanidad.
El 9 de julio de 2021 la Suprema Corte de Justicia de Italia, ratificó las condenas. El represor Jorge Tróccoli que se encontraba prófugo de la justicia uruguaya desde 2007 y residiendo en Italia, fue conducido a cumplir con prisión efectiva su condena el 10 de julio.
En el juicio refiere a la desaparición forzada en Chile de los uruguayos Alberto Fontela Alonso, Juan Ángel Cendán Ahumada y el ciudadano brasileño Tulio Quintiliano Cardoso en el marco de las coordinaciones represivas de las dictaduras urugaya y chilena. El 8 de febrero de 2021, la Corte de Apelaciones de Santiago condenó a los represores chilenos Jorge Luis Tapia Castillo y Rafael Francisco Ahumada Valderrama a 10 años y un día de presidio, en calidad de autores de los delitos.
En esta causa, referida a la desaparición forzada de la maestra Elena Quinteros, fue procesado con prisión el ex canciller de la dictadura Juan Carlos Blanco, el 18/10/2002 como co-autor de un delito de Privación de libertad. En el año 2010 se lo condenó a 20 años de penitenciaria por la coautoría de un delito de homicidio muy especialmente agravado.
En la causa judicial sobre la desaparición forzada del maestro Julio Castro, fue procesado Juan Ricardo Zabala Quintero en el año 2012. A partir de una apelación el Tribunal de Apelaciones de 4to Turno revocó el procesamiento de Zabala y procesó en esa ocasión a José Nino Gavazzo. En el año 2020 Gavazzo fue condenado a 25 años de penitenciaria como co autor del homicidio muy especialmente agravado de Julio Castro.
El 24 de noviembre de 2024 fueron procesados con prisión por el homicidio especialmente agravado de Julio los represores: Omar Raúl Lacasa Antelo, Rudydard Sciosia, José Luis Parisi Alegre, Antraning Ohannessian y Rubely Pereyra.
La causa se reabre en el año 2020. Al encontrarse e identificarse los restos de Eduardo Bleier, el fiscal de lesa humanidad solicitó en octubre de 2019 la reapertura de la causa judicial que se encontraba archivada.
En esta causa judicial que trata sobre la desaparición forzada de Oscar Tassino, así como la prisión ilegítima y torturas a varias personas pertenecientes al PCU, fue procesado con prisión el 30 de abril de 2021 el represor Eduardo Ferro, imputado por los delitos de secuestro, tortura y desaparición. El 23 de junio 2021 se procesó a Ernesto Ramas y a Jorge Silveira, entre otros delitos, por el de coautores de homicidio especialmente agravado en calidad de partícipe extraño.
El 20 de setiembre de 2022 la justicia condenó a 25 años de penitenciaría a Jorge Silveira y Ernesto Ramas por la desaparición del militante comunista en julio de 1977. Se dispuso la condena de los represores como coautores de seis delitos de privación de libertad, cuatro delitos de abuso de autoridad (torturas), cuatro delitos de lesiones graves y un delito de desaparición forzada en calidad de autores.
En esta causa, que denuncia múltiples delitos cometidos en Argentina y Uruguay entre los que se cuentan secuestro, torturas, sustracción de menores, etc. tuvo un inicio en 1984. Fue archivada en la década del 80 y desarchivada en la década del 2000. En esta causa, fue procesado el médico militar Ramón Rodríguez de Armas, por coautoría en las torturas infringidas a secuestrados por el terrorismo de Estado. Asimismo, otros testimonios lo identificaron que como médico ginecólogo realizó controles de embarazo a María Claudia García Iruretagoyena de Gelmán.